I corsi d’acqua presenti nel territorio di Asuni sono prevalentemente a carattere torrentizio e stagionale. I principali in ordine di portata sono il Rio Araxisi, il Rio Misturadroxiu (suo affluente principale) e il Rio Imbessu, di rango inferiore, che segna il confine con Villa Sant’Antonio e Ruinas.

Il Rio Araxisi e il Rio Misturadroxiu si uniscono sotto la rupe del Castel Medusa a 111m slm e formano il Rio Mannu o Majori. Questo, percorsi  circa 2,5 km, riceve le acque del Rio Imbessu a 82 m slm e prende il nome di Rio Flumineddu, uno dei principali affluenti del Tirso, la cui portata media annua equivale al  35%  di quella del maggiore fiume sardo. Il bacino idrografico del Rio Mannu comprende parte del Mandrolisai, della Barbagia di Belvì, del Sarcidano e dell’ Alta Marmilla. Nel Rio Araxisi affluiscono le acque dei Territori di: Ortueri, Sorgono, Atzara, Austis, Meana Sardo, Aritzo, Belvì, Desulo, Samugheo e Asuni. Nel Rio Misturadroxiu si riversano le acque dei territori di Asuni, Laconi, Genoni, Nurallao e Nuragus. Si riversano nel Rio Imbessu le acque di Senis, Assolo, Usellus, Villa Sant’Antonio, Ruinas e Nureci.

La portata e la Stagionalità dei tre corsi d’acqua variano in relazione alle precipitazioni e presentano comunque caratteristiche diverse fra loro, dovute soprattutto all’ampiezza del proprio bacino idrografico.

Il Rio Araxisi e il suo affluente sono caratterizzati da una simile durata di scorrimento superficiale, mentre si differenziano per la portata: quella del Rio Misturadroxiu equivale ai 3/5 di quella del Rio Araxisi. Il Rio Imbessu oltre a differenziarsi per la portata (circa ¼ di quella del Rio Araxisi), si differenzia anche per la durata dello scorrimento superficiale, vista la ridotta supercficie del priprio bacino idrografico e la mancanza di sorgenti importanti lungo il suo corso.

La maggiore portata dei corsi d’acqua si registra nella stagione invernale fino ad aprile e maggio, mentre durante la stagione estiva si possono osservare le secche. La durata del periodo di secca è aumentata nel corso degli anni '80 e '90, di pari passo con i periodi di siccità che si manifestavano sulla nostra isola. Il trend sembra ora in controtendenza: lo testimonia il fatto che il Rio Misturadroxiu nel 2006 e nel 2009 non si è mai prosciugato lungo tutto il corso. Il  Rio Araxisi, anche a memoria d'uomo, tende a prosciugarsi anche in annate piovose, fino alla  zona del Castel Medusa,  dove alcune sorgenti perenni alimentano il corso d'acqua che poche decine di metri più avanti incontra il Rio MIsturadroxiu formando  il Rio Mannu. Quest'ultimo si può definire di portata perenne, anche se nelle torride estati del 1983, del 1998 e del 2003 in alcune zone del corso si sono registrate delle secche. Diversa la situazione del Flumini Imbessu, che scorre di continuo solo da dicembre a maggio.

In passato la stagione di scorrimento superficiale aveva una maggiore durata per due motivi: innanzitutto il ripetersi di stagioni siccitose dagli anni ’80 fino al 2007 ha accentuato la presenza delle secche estive, che a memoria d’uomo erano rare fino ad allora; non meno importante è poi lo sfruttamento intensivo da parte dell'uomo per l’irrigazione dei campi in molte zone del bacino idrografico.

Le valli, scavate e modellate da questi corsi d'acqua formano una successione di gole e dirupi di notevole interesse dal punto di vista geomorfologico. Non manca la fauna ittica, con la presenza di trote, carpe, anguille, tinche, e di recente anche del pesce gatto la cui popolazione sta crescendo in maniera esponenziale creando non pochi problemi all'ecosistema.